カラーコンタクトレンズに磁性体成分が含まれている製品があり、安全性が保障できないのと眼球という生体の重要器官に接しているため禁忌としています。(日本放射線技術学会雑誌第64巻12号1575ー1599参照)
通常のコンタクトレンズについては、不可抗力によってMRI検査中に外れると探し出すことができないので外してもらってMRIを実施している施設もあります。一般的にはMRI検査の安全性に関して大きな問題はないとの見解ですが、紛失などのリスクもふまえて施設ごとにルールを決めていただければと思います。