非常に難しい問題で、どこの施設でも対応に苦慮しているようです。
緊急性がなければ、しっかりきれいに付着物を落として全身の着衣の全てを更衣していただくのが一番です。
緊急性が高ければ、可能な限り衣服は除去し、身体を洗浄(または清拭)した後に、頭部にキャップを被ってもらって撮像するなどの対応が考えられます。洗浄が困難な場合は、ある程度の脱衣後にタオルやドレープで覆うことや、大きめのシーツで身体全体をくるむことや部分的であればビニールで覆って汚れが飛散しない対策が考えられます。特に、頭部に砂などが大量にあり傷がある場合には、念のためにX線写真で確認することも必要かもしれません。
生命やQOLに大きく影響しないのなら、その時点でMRI検査を選択する必要性を判断した方がいいかもしれません。